Ordenó: “Deseo retirarme entre vosotros a acabar la vida y por eso quería que me labrásedes unos aposentos en San Jerónimo de Yuste”. Llego al cenobio jeronimiano el 3/II/1557. Estuvo en Tornavacas (11/IX/1556) una jornada de descanso y llegó a Jarandilla de la Vera, donde vivió hasta que le terminaron de edificar sus habitaciones de Yuste. Falleció el 21/IX/1558. Dicen que del mal de la gota, la diabetes o de fiebres palúdicas producidas por alguna que otra picadura de los mosquitos del estanque de su retiro. Fue enterrado en un lugar fresco y seco, bajo el altar del Monasterio de San Jerónimo de Yuste (Cuacos de Yuste-Cáceres), hasta que su hijo Felipe II trasladó su cuerpo momificado al Real Monasterio de San Lorenzo de Escorial.

De la Real Casa de San Jerónimo de Yuste, admiro la severidad del mismo, sus arcos carpaneles, su elegancia y apenas ornamentación, en un espacio que sabe a recogimiento, serenidad, silencio y paz.